Malgré ses organes techniques en provenance de chez Volkswagen, la Seat Ibiza n'est pas totalement irréprochable. Les soucis les plus nombreux portent sur les moteurs diesel, qu'ils soient atmosphériques ou turbocompressés, notamment au niveau des joints, à l'origine de suintements fréquents : cache-culbuteur (dès 30 000 km environ), carter (avant 100 000 km) et joints spi avant et surtout arrière de vilebrequin. Sur les 1.9 SDI (1.9 D pour les premières versions), le joint de culasse est à changer avant 140 000 km.

Les moteurs essence de tout millésime sont globalement fiables mais connaissent des suintements au niveau du joint spi arrière de vilebrequin (avant 100 000 km). On note également des à-coups à l'accélération à bas régime, particulièrement perceptibles sur les moteurs 1.6i.

L'ensemble de ces problèmes a été résolu, soit en usine, soit lors des programmes d'entretien courant en après-vente.

En-dehors des problèmes purement mécaniques, on note des faux-contacts courants sur les commandes de lève-vitres électriques, ainsi que des vibrations des plastiques de garnitures d'habitacle au-delà de 4 à 5 ans.