En contrepartie de ses tarifs élevés à l'achat, l'A3 n'est pas onéreuse en réparations ! Les seuls défauts marquants concernent les modèles TDI 110, aux faiblesses récurrentes. On note ainsi la céramique du catalyseur qui, sur ces motorisations, se détruit rapidement. Ces mêmes motorisations ont connu quelques cas de casses de turbo, ainsi que des problèmes sur l'électronique de gestion, entraînant des baisses de régime au ralenti ou lors des débrayages. Les moteurs TDI ont tendance à afficher une consommation d'huile élevée, sans préjudice pour la fiabilité mécanique, tandis que les tout premiers TDI 130 ont souffert d'un dysfonctionnement du calculateur.

Globalement, les Audi A3 en règle générale ne souffrent pas de problèmes majeurs, hormis une direction floue en son point milieu sur les premiers millésimes, des fusibles de climatisation affublés d'une tendance à griller régulièrement ou des moteurs de lève-vitres électriques parfois paresseux.

Mis à part ces quelques avaries, qui restent anecdotiques, et les ennuis plus notoires concernant les TDI 110 (sans grande conséquence, toutefois, sauf le coût du remplacement du catalyseur si cela n'a déjà été fait…), l'A3 bénéficie d'une endurance et d'une fiabilité remarquables, faisant office de référence dans sa catégorie.