Comme d'habitude chez BMW, l'endurance mécanique est exemplaire, hormis quelques cas isolés. On notera les problèmes de surpression de circuit de refroidissement sur les modèles 94 et 95, totalement résolus par une campagne de rappel (assez tardive puisqu'elle n'a eu lieu qu'en 1998), visant à remplacer le bouchon défectueux.

Sur les modèles 95 et 96, et particulièrement les 318tds, on note quelques cas d'usure prématurée (bien avant 100 000 km) du disque d'embrayage, entraînant des broutements au démarrage.

À l'exception de ces rares défauts, il faut chercher du côté des garnitures intérieures, plus "économiques" que sur les berlines. Les grincements sont fréquents, notamment au niveau du combiné d'instrumentation. Enfin, quelques défauts d'étanchéité ont été signalés sur les modèles 94, à cause de l'ondulation ou du décollement des joints de portes.

N'ayant connu que très peu de problèmes sérieux, la Série 3 Compact ne souffre finalement que d'une qualité d'assemblage en net retrait par rapport aux standards de la marque, mais elle bénéficie de moteurs fiables et endurants.