Si selon l’ADEME (Agence de l’environnement et de la maîtrise de l’énergie) l’utilisation des biocarburants est censée faire baisser les émissions de CO2 de près de 60%, la chaîne de production de l’éthanol encourt d’autres risques écologiques.

Si la "« combustion du biocarburant ne dégage que des gaz à effet de serre mineurs, ce sont les consommations intermédiaires (tracteurs, engrais, épandage…) qui sont sources d’émission de CO2»" affirme Dominique Viel, fonctionnaire de Bercy. Un point de vue appuyé par Corinne Lepage, candidate verte, à la présidentielle, qui estime que le bilan écologique de l'éthanol n'est pas bon. "« Sa fabrication nécessite un recours massif à des pesticides, nitrates et herbicides. L'éthanol coûte deux à trois fois plus cher à produire que l'essence, et il faudra savoir qui paye la différence »."

Plus mitigé, Jean Pierre Gruson, expert de l’IFP (Institut français du pétrole) estime que les biocarburants, malgré les performances et le CO2 finale de chacune des filières, est un produit globalement positif au niveau du CO2 . "« Maintenant reste à voir les attitudes des acteurs au niveau écologique avec l’irrigation, l’usage des engrais, des pesticides. Il ne faut pas que ce soit fait n’importe comment. Car si l’on améliore le CO2 on peut dégrader autre chose »". Plusieurs organismes sérieux comme l’ADEME ou encore des chercheurs de l’université de Berkley (Grande-Bretagne) se sont accordés sur le fait que l’utilisation de biocarburant réduit le taux d’émissions polluantes à la sortie du pot d’échappement. Pour le diester (biodiesel), le taux de CO2 chute de 50% à 60 % au km parcouru alors que l’éthanol, le taux d’émissions chute de 20% à 60 %.

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